Lisans eğitimimi ODTÜ Şehir ve Bölge Planlama bölümünde tamamladı. ODTÜ’de Yerleşim Arkeolojisi bölümünde yüksek lisans çalışmalarıyla birlikte diğer kazıların yanında esas olarak, Kerkenes ve Çatalhöyük kazılarında yer aldı. Londra UCL'de ders aldığı dönemde English Heritage'da çalışma imkanı yakalayan Bağcı Kaya, Indiana University Bloomington'da Antropoloji ve UMASS Amherst'te doktora çalışmalarına devam etti. Ilgi ve araştırma alanları arasında kültürel ve doğal miras yönetimi, kentsel arkeoloji ve arkeoastronomi yer almaktadır.